1912年3月，張謇借南通城南廟宇籍仙觀創辦私立南通醫學專門學校，這是國人最早創辦的私立高等醫學院校之一，是我國民辦高等醫學教育本土化的發端。1912年4月，張謇在南通唐閘借資生冶廠創辦南通紡織染傳傳習所，同年秋改稱南通紡織學校，次年定名為南通紡織專門學校。這是中國最早獨立設置的紡織專科院校。張謇（1853-1926），字季直，號嗇庵，清末狀元。中國近代著名愛國實業家、教育家，立憲運動領袖。辛亥革命后，促進民主共和，拓展地方自治。1853年出生于江蘇海門常樂鎮一個小瓷商兼治小農的家庭。1868年考中秀才，1885年順天府鄉試考中舉人，1894年考中恩科狀元，授翰林院修撰。1904年，清政府賞三品銜，任商部頭等顧問官。1909年當選為江蘇咨議局議長。1911年當選為中央教育會長、江蘇臨時議會議長，同年任江蘇兩淮鹽政總理。1912年任中華民國臨時政府實業總長。1913年任民國北京政府農商總長，1914年任民國北京政府全國水利總局總裁。曾應聘主持贛榆選青書院（1888）、崇明瀛洲書院（1893）、安慶經古書院（1896）、江寧文正書院（1896）等傳統教育機構。1912年張謇與其兄創辦了私立

1928年6月，張孝若先生召集私立南通醫科大學、私立南通紡織大學和1919年定名的私立南通農科大學的教職工和學生代表，召開私立南通大學籌備委員會預備會。1928年9月，私立南通大學籌委會召開第五次會議，決定將三所學校合并，組建私立南通大學。農、醫、紡三所大學，分別為私立南通大學的農科、醫科、紡織科。并上報當時的南京國民政府教育部備案待批。

南京國民政府于1929年頒布的《大學組織法》規定：大學分為文、理、法、農、工、商、醫等學院，具備上述三所以上的高校，有資格稱大學。私立南通大學紡織科不在規定范圍內，1930年南京國民政府教育部令“先準以南通學院名義立案，俟具備三學院呈部核準后再恢復舊名”。同年11月，私立南通大學遂更名為私立南通學院。

1952年8月，華東軍政委員會教育部制定《華東區高等學校院系調整方案》（草案）。方案規定：南通學院農科獨立改設蘇北農學院，遷至揚州；紡織科紡織、染化二系調整至華東紡織工學院；醫科獨立改設蘇北醫學院，設于南通學院原址。公立蘇北醫學院于1956年更名為“南通醫學院”，1957年更名為“蘇州醫學院南通分部”，1958年恢復“南通醫學院”校名。

1958年，南通師范專科學校建立建，1962年停辦。1976年，以“揚州師范學院南通分院”為名招生。1979年，更名為“南通師范專科學校”。1959年，成立南通教師進修學院，1963年停辦。1979年11月，建立“南通地區教師進修學院”和“南通市教師進修學院”。1983年，南通地、市教師進修學院合并，隨之更名為“南通教育學院”。

1952年全國院系調整，私立南通學院紡織科停辦，1977年復辦，以“南京工學院南通分院”為名招生。1979年更名為“南通工業專科學校”，1980年更名為“南通紡織專科學校”，1985年升格為“南通紡織工學院”，1995年更名為“南通工學院”。

1999年，經教育部批準，南通師范專科學校與南通教育學院合并組建南通師范學院。

2004年5月，教育部正式批準南通醫學院、南通工學院、南通師范學院合并組建南通大學。2004年11月28日，學校舉行揭牌慶典大會。

2013年7月19日，國務院學位委員會發文，南通大學被增列為博士學位授予單位。